با وجود فقر و کمبود مواد غذایی، در روحیه و سازمان‌دهی جنگی هزارستان، غرور و اعتماد به نفس حاکم بود.‌ مردم با مقاومت و پای‌مردی، این روزهای دُشوار را تحمل می‌کردند و متحد و یک‌پارچه می‌گفتند:‌ «ما حاضریم بمیریم، اما تسلیم نمی‌شویم»، ولی در کمال ناباوری، آتش جنگ بین حزب وحدت اسلامی و جنبش ملی و اسلامی شمال در داخل شهر مزار شریف شعله‌ور شد.

طالبان که ‌دید دشمنانشان چه گونه به جان هم افتاده‌اند، با تنگ‌تر کردن حلقه محاصره‌ بامیان، خود را برای حمله‌ای دیگر به مزار شریف آماده می‌کردند.

در ماه جوزای 1377، طالبان با کشتن حدود 600 تن از روستاییان ازبک در ولایت فاریاب، نسل‌کشی دیگری را رقم زدند. طالبان، روستاییان را به زور از خانه‌هایشان بیرون کشیده و به صف کرده و تیرباران کرده بودند.

در ماه سرطان، طالبان از هرات به سمت شمال دست به پیشروی زدند. آنان در 21 سرطان پس از تار و مار کردن نیروهای دوستُم و تسخیر شهر میمنه، یک صد دستگاه تانک و خودرو به غنیمت گرفتند و حدود 800 نفر از سربازان ازبک را به اسارت درآوردند که بعدها بیش‌ترشان را قتل ‌عام کردند.

در دهم اسد 1377، پس از این‌که چند تن از فرماندهان دوستم با رشوه‌ستانی، خود را از جبهه مقاومت کنار کشیدند، طالبان توانست مقر فرماندهی ازبک‌ها را در شبرغان اشغال کند. دوستُم ابتدا به ازبکستان و سپس به ترکیه گریخت. با فرار دوستم، آن دسته از سربازان ازبک که کنترل جاده ورودی شهر مزار شریف را در دست داشتند، روحیه خود را از دست دادند و با دریافت رشوه، از درگیر شدن با طالبان اجتناب ورزیدند. به این ‌ترتیب، هزار و پانصد نفر از نیروهای حزب وحدت اسلامی که در اطراف شهر مستقر بودند، با تهاجم غافل‌گیرانه طالبان روبه‌رو شدند. در ساعت‌های اولیه 17 اسد 1377 بود که ناگهان هزاره‌ها خود را در محاصره طالبان یافتند. مدافعان هزاره تا آخرین گلوله جنگیدند و تنها صد نفر از آنان توانستند جان به سلامت ببرند. حدود ساعت 10 قبل از ظهر، نخستین ستون از تویوتاهای طالبان، در حالی که مردم بی‌خبر شهر مشغول فعالیت‌های روزانه‌ بودند، وارد شهر مزار شریف شدند.

در ساعت‌های بعد آن‌چه روی داد، نسل‌کشی وحشیانه‌ای بود که طالبان به تلافی شکست‌های سال گذشته به آن دست زدند. طالبان دو روز، دیوانه‌وار، دست به کشتار زدند. آنان سوار بر تویوتاهایشان در خیابان‌های مزار جولان می‌دادند، به چپ و راست شلیک می‌کردند و هر چیزی را که در حرکت می‌دیدند، می‌کشتند. آن‌ها به ‌سوی زنان، مردان، دکان‌داران، گاری‌داران و کودکان و حتی الاغ‌ها و بزغاله‌ها تیراندازی می‌کردند. آنان بی‌خبر و ناگهان به ‌سوی هر کسی که می‌دیدند، شلیک می‌کردند و هیچ فرقی بین زنان، مردان و کودکان نمی‌گذاشتند.

مردم به خانه‌هایشان پناه می‌بردند و سربازان طالبان به دنبال آن‌ها به زور وارد خانه‌ها می‌شدند و اگر معلوم می‌شد که اعضای خانواده، هزاره هستند، در دم، تمام اهل خانه را قتل عام می‌کردند.

طالبان سال گذشته بدون راهنما وارد شهر مزار شده بودند. برای این‌که امسال اشتباه سال پیش تکرار نشود، آنان راهنمایانی از میان پشتون‌های محلی وابسته به حزب اسلامی حکمت‌یار انتخاب کردند که با شهر آشنایی کامل داشتند. در چند روز آتی، جنگ‌جویان بلخ، گروه‌های تجسسی طالبان را به منازل هزاره‌ها راهنمایی کردند. طالبان آن قدر غیر قابل کنترل شده بودند که حتی در این روزها نیز هر کسی را که می‌خواستند، هر چند غیر هزاره بود، به قتل می‌رساندند.

هزاران نفر از مردم هزاره به زندان‌های مزار انتقال یافتند. طالبان هنگامی که این زندان‌ها پر می‌شد، دستگیرشدگان را در کانتینرها جای می‌دادند و درهای آن‌ها را قفل می‌کردند تا زندانیان خفه شوند.

طالبان تصمیم گرفته بودند شمال را از وجود شیعیان تصفیه کنند. ملا نیازی که دستور قتل دکتر محمد نجیب‌الله را صادر کرده بود، به ‌عنوان والی مزار شریف منصوب شد. طالبان در ساعت‌های اولیه فتح مزار، از مساجد این شهر اعلان می‌کردند که شیعیان مزار سه راه بیش‌تر ندارند:‌ یا سنی شوند یا به کشور ایران بروند یا کشته خواهند شد. تمام مساجد متعلق به شیعیان بسته شدند. نیازی از مسجد جامع شهر خطاب به شیعیان چنین گفت: «شما از خانه‌های خود به ‌سوی سربازان ما شلیک کردید، اما اکنون نوبت ماست. هزاره‌ها مسلمان نیستند و ما باید آنان را بکشیم. یا باید مسلمان شوید یا افغانستان را ترک کنید. هر جا بروید، شما را به چنگ می‌آوریم. اگر بالا بروید، از پایتان پایین خواهیم آورد و اگر پایین بروید، از مویتان گرفته و بالا خواهیم کشید».